1. Oddział Nadzoru Epidemiologicznego:

• Sekcja Nadzoru nad Placówkami Służby Zdrowia

• Sekcja Zapobiegania i Zwalczania Chorób Zakaźnych i Niezakaźnych:

• Sekcja Szczepień Ochronnych

2. Oddział Nadzoru Higieny Komunalnej

• Sekcja Orzecznictwa

• Sekcja Nadzoru Sanitarno-Higienicznego

3. Oddział Laboratoryjny:

• Laboratorium Mikrobiologii i Chemii Higieny Komunalnej

• Laboratorium Badań Schorzeń Jelitowych

• Laboratorium Bakteriologii

Struktura organizacyjna zlokalizowana przy ul. Piotrkowskiej 194:

1. Oddział Nadzoru Higieny Żywności, Żywienia i Przedmiotów Użytku

• Sekcja Nadzoru nad Zakładami Produkcji Żywności, Przedmiotów Użytku i Kosmetyków.

• Sekcja Nadzoru nad Zakładami Żywienia Zbiorowego oraz Miejscami Obrotu Żywnością, Przedmiotami Użytku i Kosmetykami

• Sekcja ds. Granicznego Punktu Kontroli Sanitarnej

2. Oddział Nadzoru Higieny Pracy:

• Sekcja Orzecznictwa i Chorób Zawodowych

• Sekcja Nadzoru Sanitarno-Higienicznego

• Sekcja Kontrolno Pomiarowa

3. Oddział Higieny Dzieci i Młodzieży

4. Oddział Oświaty Zdrowotnej i Promocji Zdrowia

5. Sekcja Zapobiegawczego Nadzoru Sanitarnego